للمركز الموريتاني للدراسات والبحوث الاستراتيجية أربع هيئات، هي: الجمعية العامة، مجلس الأمناء، المكتب التنفيذي، وهيئة الخبراء والمستشارين.

1- الجمعية العامة: هي الهيئة العليا للمركز، وتتألف بالإضافة لأعضاء الهيئات الثلاثة من: الباحثين المعتمدين لدى المركز، ورؤساء الوحدات والدوائر البحثية، بالاضافة لمدعوين يحددهم النظام الاساسي.

2- مجلس الأمناء: يمثل الهيئة العلمية، ويعنى بوضع الخطط والموجهات العامة للمركز، كما يتولى مهمة الرقابة على عمله. ويتكون من تسع شخصيات - من بينهم مدير المركز ونائبه- تراعى فيها الاعتبارات الأكاديمية والعلمية.

3- المكتب التنفيذي: يقوم على التسيير والإشرافِ على مختلف أنشطة المركز، ويتكون من خمسة أعضاء، هم: الرئيس (وهو مدير المركز)، نائب المدير، مسؤول الدراسات والبحوث والاستطلاعات، مسؤول التحقيق والنشر والتوزيع والترجمة، مسؤول التدريب والنشاطات العامة .

4- هيئة الخبراء: تتألف هيئة الخبراء والمستشارين من شخصيات تتمتع بالكفاءة والمكانة العلمية، وتتألف كحد أدنى من سبعة أعضاء. وتعنى بالإسهام في تطبيق السياسات البحثية للمركز وتقييم الدراسات والبحوث.